1、ルート
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最初にFの対潜マスを踏み、そこから最短でボスへ向かうのが王道ルートです
固定条件は水母1、軽巡1、駆逐3で、かつ残りの1艦が空母、雷巡、戦艦などではないことです
追記 雷軽駆駆駆水でも行けるとのコメントでいただきました

最後の艦の選択としては航巡が無難になります(最上型はE3だから利根型)

あとは川内+吹雪+白雪+初雪でFマスに行くという話も聞きますが
E3で使ったのでそんな編成できません
出来るなら川内+吹雪+白雪+初雪+利根+筑摩になるのでしょうか
出来たとしてもE3のことを考えると吹雪の使用には勇気がいります

2、編成 
制空値目安は被撃墜や熟練度低下を含めてHマスIマスにての航空優勢を考えています
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実際に周回してみると、時雨の探照灯はいらないかなあとも思います
だって、夜戦時には昼戦で集中攻撃を受けたボスは大破状態になっていますし
まあ雪風カットインのためにのせておきますが

でも対潜装備と対空カットインは役に立ちます。ボスSがかなり安定している場合は
ボス装備を削って余力を道中にふるのは大事なことです

この考えから変更するならば、雪風も先制対潜攻撃可能にすることもありだと思います
カットインは捨てますが、利根と神通と夕立がいれば十分に削り切れるでしょう
ってくらい安定しています

ボスと道中の装備の割り振りは個人のバランス感覚で調整してください

追記
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コメントで教えて頂いた編成です
Fの潜水マスはまだしも、Gの水上マスまでSt1以外の被撃墜が発生しない敵編成だと
いうことは気付きませんでした。よく気づいている人もいるものです。
具体的に言うと、Hマスの手前までは制空も確保できるので
18未満のスロットは被撃墜が発生しません。なので出撃時の制空値をHマスまでは保存
できます。もっともHマスでは減らされます、優勢ですし。
なのでHマスをギリギリ優勢にして、Iマスでは減った分を基地航空隊で補おうという
編成です。無駄なく合理的なので、私からもおススメします。
注意点としては制空値がギリギリに設定されているので、基地航空隊の乱数によっては
Iマスにて優勢がとれない可能性も出るという点ですが、その時は集中を使ったり
基地航空隊制空値を大きくすることでフォローします。
でも今のところ下の基地航空隊編成でこれでもきちんと優勢以上が確保できています

また周回をいくらかしての雑感ですが搭載数12のようなスロットの瑞雲は熟練度の低下が
見られないように思います。この海域の敵編成を改めてみるとツ級がいないし
敵対空がとにかく貧弱なので、熟練度の低下はあまり気にしなくてもいい海域だと
思いました

★追記編成(8/17)

周回をしながらバランスを調整して、現在使用している編成は以下です
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阿武隈に先制対潜+先制雷撃をさせるようにしました
利根は二式水上戦闘機+夜戦も考えましたがこちらにしました
神通使用時に比べてボスマスで弱体化していますが道中はやや上です

あとE1もE2(E2の場合は基地航空隊)も疲労がすぐに溜まるので、プリセット機能で登録して
並行して周回させるといい感じです

3、基地航空隊


★第一基地航空隊
余裕があるので省エネのため、艦戦or要撃機×4で防空配置

★第二基地航空隊
E2は甲でもキツイ道中マスは存在しませんが送るならIマスです
基地航空隊をIマスに1度出撃させて敵航空機を削ることで
航空優勢の安定をはかっています。1回目はIマス、2回目はボスマスに送っていますが
Iマスに2回とも送ってもいいです。どちらでも余裕があります
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一応注意すべきは重巡リ級や軽巡ホ級の存在で、これらは偵察機を持っているので
基地航空隊の制空値を計算してぶつける際には多めに制空値をとっておかないと
せっかく計算した制空値がギリギリ足りないことになります
(基地航空隊のみ偵察機の対空も制空に加算される特殊な仕様上)

★第三基地航空隊
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ボスマスには敵航空機がいないので陸攻ガン積みでボスマスに送ります。もしくは艦攻ガン積みでもよく、こちらのほうが周回あたりの油の消費は24減ります。陸攻に比べて艦攻は補充コストは同じですが、出撃時に消費される見えない消費量で1中隊あたり油6の節約になります。第三航空隊の目的は随伴駆逐艦の処理なので艦攻でも十分といえるでしょう。

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支援艦隊なんてもちろん不要です
開幕だけで随伴艦をほとんど潰せるので、あとは昼戦でボスを削って夜戦で落とすのみ
ボスに辿り着ければ、まずS勝利がとれます

4、周回難易度とプリンツ出現率
周回はE1ほどではないが、やりやすいです
ただし、基地航空隊がすぐに疲労するので疲労管理が面倒くさい

poi-statics様 http://db.kcwiki.moe/drop/map/352/3/M-S.html 情報ですと
現在のボスマスS勝利でのPrinz出現率は1.83%となっています
未所持と既所持で出現率が同じかどうなのかはわかりませんが
いつぞやのイベントで全盛期グンマを相手に0.7%のPrinzを掘らされた人にとっては
破格の条件なのではないいでしょうか